当科は、昭和44年に道南で初めての脳神経外科として開設され、初代科長として平井宏樹が平成７年3月までの26年間を務めました。現在は丹羽 潤が中心となり、主に函館市内および道南地方の脳卒中（脳出血、くも膜下出血、脳梗塞など）の急性期治療の診療に当たっております。

さらに当科は脳腫瘍、頭部外傷、顔面けいれん、脊髄疾患など多岐にわたる脳および脊髄疾患を対象としております。また頭痛の鑑別診断、脳卒中の危険因子である動脈硬化についても総合的に評価し、治療しております。さらに予防医学の見地から脳ドック検査を行なっており、脳卒中の発生前診断と予防のために啓蒙活動を行なっております。
平成12年11月には麻酔科、神経内科の協力で、北海道で初めての脳死判定、臓器摘出がなされました。

　平成17年10月から急性期脳梗塞に対する発症3時間以内のアルテプラーゼ静注療法を開始し、良好な成績を認めております。また、平成20年6月から脳卒中地域連携パスを使用して函館市内の多数のリハビリ病院と連携して脳卒中の急性期治療と回復期リハビリをつなぎ目なしに行っております。

対象となる疾患と診療内容

当院に併設された道南医療圏唯一の救命救急センターには、昼夜を問わず脳出血、脳梗塞、くも膜下出血などの急性期の脳卒中や重症頭部外傷の患者さんが搬送されています。

まず救命救急医が初期治療に当たり、次いで脳外科専門医が外科治療の適応を決めます。また脳神経血管内治療専門医が脳動脈瘤に対するコイル塞栓術と頸動脈狭搾に対するステント留置術などの血管内治療の適応を決定し、患者さんはすべて集中治療室で管理され濃厚な治療とケアを行っております。さらに脳卒中専門医が危険因子などを含め、疾患を総合的に評価して、脳卒中の治療を行ないます。また重症頭部外傷の患者さんに対しては救命科医師の協力で脳低温治療を行ない、社会復帰できるよう治療に務めています。