放射線科というのは大きく分けて画像診断部門と放射線治療部門に分かれていますが、市立函館病院は全国の地方病院としては数少ない放射線診断および放射線治療の各専門医が常勤している病院の一つです。
　当院では電子カルテシステムが稼動しており、各部署からコンピューター端末を介してリアルタイムに画像検査オーダーや予約を可能としています。
　画像診断部門ではCT・MRI・RI画像の即日読影・レポーティングおよび脳・心臓を除いた血管造影およびインターベンショナルラジオロジー（画像診断技術を利用した低侵襲治療）を施行しています。外来的な中心静脈リザーバー設置術の施行や外来的な動注リザーバー（抗ガン剤を腫瘍局所の動脈のみに選択的に注入するための皮下埋め込み型の器具）を用いた治療も行っています。
　周辺医療機関より依頼されたCT・MRI・RIなどの画像検査および診断にも地域医療連携室を介した電話予約のみで可能としており、外来的に検査の説明をし、造影剤などに関連した緊急時にも対応しています。
　また、インターベンショナルラジオロジーによる治療が必要とされる場合には24時間対応しており、事故に伴う骨盤骨折・肝損傷や内視鏡で治療できない消化管出血・喀血に対しては動脈塞栓術、致死率の高い重症急性膵炎に対する抗生剤・淡白酵素阻害剤の動注療法を施行しています。